Thế kỷ XII, vùng thượng Guinée là phần đất thuộc đế quốc Mali. Sau khi người Bồ Đào Nha đặt chân đến vùng bờ biển này (từ năm 1461), chế độ buôn bán nô lệ bắt đầu diễn ra và kéo dài đến năm 1850. Guinée trở thành thuộc địa của Pháp từ năm 1893, bị sáp nhập vào lãnh thổ Tây Phi thuộc Pháp năm 1895.

Nhân dân Guinée dưới sự lãnh đạo của thủ lĩnh Samori Touré đã chiến đấu chống lại thực dân Pháp trong nhiều năm. Năm 1898, thủ lĩnh Samori Touré bị bắt và tới năm 1905 Pháp chiếm hoàn toàn Guinée và đặt Guinée trong khối Tây Phi thuộc Pháp. Sau khi Pháp chiếm Guinée, nhân dân Guinée đã liên tiếp nổi dậy đấu tranh chống ách thống trị của Pháp. Nổi bật nhất là các cuộc khởi nghĩa của nhân dân vùng Fouta.

Năm 1947, một nhóm người tiến bộ do Sékou Touré lãnh đạo thành lập Đảng Dân chủ Guinée(PDG). Đảng Dân chủ Guinée nhanh chóng trở thành một lực lượng chính trị quan trọng chống lại chế độ thực dân Pháp. Nhằm giữ thuộc địa sau thất bại ở Đông Dương, chính quyền Pháp chủ trương thành lập "Cộng đồng Pháp" ở châu Phi. Ngày 28 tháng 9 năm 1958, dưới sự lãnh đạo của Đảng Dân chủ Guinée, nhân dân Guinée đã bỏ phiếu chống lại kế hoạch lập Cộng đồng Pháp trong cuộc trưng cầu dân ý về tương lai của Guinée do chính quyền Pháp tổ chức.

Ngày 2 tháng 10 năm 1958, Guinée tuyên bố độc lập và thành lập nước Cộng hòa Guinée do Sékou Touré làm Tổng thống. Guinée là nước đầu tiên của thuộc địa Tây Phi thuộc Pháp giành độc lập năm 1958. Chính quyền của Tổng thống Sékou Touré theo đuổi chính sách độc lập dân tộc, ủng hộ các phong trào giải phóng châu Phi.

Từ năm 1978, Cộng hoà Guinée đổi tên thành Cộng hoà Nhân dân Cách mạng Guinée. Năm 1982, Guinée bình thường hoá quan hệ với Pháp, bắt đầu hợp tác kinh tế và dần dần có quan hệ gắn bó với Mỹ và phương Tây. Tháng 4 năm 1984, sau khi Tổng thống Sékou Touré chết, lực lượng quân sự do Đại tá Lansana Conté đứng đầu tiến hành đảo chính và lên cầm quyền, đổi tên nước thành Cộng hoà Guinée. Tổng thống Lansana Conté đứng đầu đã tuyên bố thực hiện đường lối phát triển đát nước theo hướng tự do hoá kinh tế (1985), đa dạng hoá quan hệ với các nước, xây dựng hiến pháp mới theo chế độ đa đảng (1990). Tổng thống Lasana Conté tái đắc cử trong cuộc bầu cử Tổng thống các năm 1993, 1998 và 2003.

Guinée và nước láng giềng Liberia vẫn tiếp tục trong tình trạng khó khăn. Cuộc nội chiến ở Liberia kéo dài trong thập niên 90, cuộc chiến ở đây đã lan sang biên giới Guinée, những cuộc đụng độ ở biên giới vẫn tiếp tục diễn ra sau khi nội chiến đã tạm lắng xuống. Guinée ủng hộ việc chống lại nhà lãnh đạo đối lập Charler Taylor trong cuộc nội chiến ở Liberia, cho nên mối quan hệ giữa Tổng thống Conté với Taylor không mấy tốt đẹp sau khi Taylor trở thành Tổng thống Liberia năm 1997.

Từ tháng 9 năm 2000, cuộc chiến tại ngã ba biên giới Guinée, Liberia và Sierra Leone ngày càng gia tăng. Quân đội Guinée phải chiến đấu chống lại lực lượng nhiều thành phần phe nhóm trong nhóm nổi dậy Guinée và Liberia. Do cơ sở hạ tầng thiếu, nền kinh tế yếu kém, gần 300.000 người tị nạn do cuộc nội chiến ở Sierra Leone đã tràn sang Guinée.[7]

Năm 2006 và đầu năm 2007, tình hình kinh tế chính trị Guinée bị ảnh hưởng nghiêm trọng do các cuộc tổng đình công của các nghiệp đoàn phản đối chính phủ quản lý yếu kém, đòi Tổng thống Lansana Conté phải từ chức (do vấn đề sức khỏe) và bổ nhiệm một vị Thủ tướng.

Ngày 22 tháng 12 năm 2008, Tổng thống Lansana Conté qua đời. Một nhóm lực lượng quân đội đã tiến hành đảo chính giành chính quyền. Lãnh đạo nhóm đảo chính là Đại tá Moussa Dadis Camara tuyên bố là Tổng thống mới của Guinée và thành lập chính phủ mới.

Ngày 15 tháng 2 năm 2010, chính phủ chuyển tiếp gồm 34 thành viên được thành trong đó chính trị gia đối lập kỳ cựu Jean-Marie Dore giữ chức Thủ tướng. Ghi-nê dự kiến sẽ tổ chức bầu cử tổng thống vào ngày 27 tháng 6 năm 2010 nhằm thay thế chính quyền quân sự hiện nay.[8]